സംസ്ഥാന നേതൃത്വത്തിന് പിന്നാലെ കേന്ദ്ര നേതൃത്വവും തഴഞ്ഞതോടെ തമിഴ്നാട്ടിലെ ബിജെപി തെരഞ്ഞെടുപ്പ് ചുമതലകള് ഒഴിഞ്ഞു മുൻ അധ്യക്ഷൻ കെ അണ്ണാമലൈ. ബിജെപി മത്സരിക്കാൻ ലക്ഷ്യമിടുന്ന 41 മുൻഗണനാ മണ്ഡലങ്ങളുടെ ചുമതലക്കാരനായി നിയമിച്ചവരിൽ അണ്ണാമലൈയും ഉൾപ്പെട്ടിരുന്നു. എന്നാൽ തന്നോട് ആലോചിക്കാതെ കേന്ദ്ര, സംസ്ഥാന നേതാക്കൾ പല തീരുമാനവും എടുത്തതാണ് അണ്ണാമലയെ ചൊടിപ്പിച്ചത്.
അണ്ണാമലൈയുമായുള്ള അഭിപ്രായ വ്യത്യാസങ്ങളെ തുടര്ന്നാണ് എഐഎഡിഎംകെ എന്ഡിഎ വിട്ടത്. എഐഎഡിഎംകെയെ തിരികെ കൊണ്ടുവരാനുള്ള ഒത്തുതീര്പ്പ് ചര്ച്ചകളുടെ ഭാഗമായാണ് അണ്ണാമലൈയെ അധ്യക്ഷ സ്ഥാനത്തുനിന്ന് മാറ്റിയത്. നിയമസഭാ കക്ഷി നേതാവ് നൈനാര് നാഗേന്ദ്രന് എംഎല്എയെ ആണ് ഇപ്പോൾ പാര്ട്ടി അധ്യക്ഷൻ. അണ്ണാമലൈയെ ദേശീയതലത്തിൽ പ്രധാന ചുമതലകൾ നൽകുമെന്ന് നേതാക്കൾ ഉറപ്പ് നൽകിയിരുന്നുവെങ്കിലും അത് പാലിക്കാത്തതാണ് അണ്ണാമലൈ വിട്ടു നിൽക്കാൻ കാരണം. 2020ൽ ബിജെപിയിൽ ചേർന്ന അദ്ദേഹം 2021ൽ തമിഴ്നാട് ബിജെപി അധ്യക്ഷനായി.