2006ലെ മുംബൈ ട്രെയിൻ സ്ഫോടന പരമ്പര കേസിൽ 12 പ്രതികളെ വെറുതെവിട്ട ബോംബെ ഹൈക്കോടതിയുടെ വിധി സുപ്രീംകോടതി സ്റ്റേ ചെയ്തു. അതേസമയം, പ്രതികളെ തൽക്കാലം വീണ്ടും ജയിലിൽ അടയ്ക്കേണ്ടതില്ലെന്നും സുപ്രീംകോടതി നിരീക്ഷിച്ചു. ഈ വിധി മറ്റു പല കേസുകളെയും ബാധിക്കുമെന്ന് മഹാരാഷ്ട്ര സർക്കാർ കോടതിയിൽ ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയിരുന്നു. ആറ് മലയാളികൾ അടക്കം 180-ലധികം പേർ കൊല്ലപ്പെട്ട കേസിലാണ് ഹൈക്കോടതി 12 പ്രതികളെ വിട്ടയച്ചത്. വിധി പ്രസ്താവത്തിൽ പ്രോസിക്യൂഷനെതിരെ ബോംബെ ഹൈക്കോടതി അതിരൂക്ഷമായ വിമർശനം ഉന്നയിച്ചിരുന്നു. പ്രോസിക്യൂഷന് കുറ്റം തെളിയിക്കാൻ സാധിക്കാത്തതിനാൽ, സംശയത്തിന്റെ ആനുകൂല്യം നൽകിയാണ് ഇവരെ വിട്ടയച്ചത്. അന്വേഷണത്തിൽ കണ്ടെത്തിയ ആയുധങ്ങളും സ്ഫോടകവസ്തുക്കളും ഭൂപടങ്ങളും ലോക്കൽ ട്രെയിനിലെ സ്ഫോടനവുമായി ബന്ധമില്ലാത്തതാണെന്നും, കേസിൽ പ്രോസിക്യൂഷൻ പൂർണ്ണമായി പരാജയപ്പെട്ടെന്നും ഹൈക്കോടതി വിധിയിൽ രേഖപ്പെടുത്തിയിരുന്നു.
2006 ജൂലൈ 11‑ന് വൈകിട്ട് 6.24നാണ് മുംബൈയെ നടുക്കി ആദ്യ സ്ഫോടനമുണ്ടായത്. 11 മിനിറ്റിനുള്ളിൽ മുംബൈയിലെ വിവിധ ലോക്കൽ ട്രെയിനുകളിലായി ഏഴ് ബോംബുകളാണ് പൊട്ടിത്തെറിച്ചത്. ഖാർ റോഡ് റെയിൽവേ സ്റ്റേഷനിലായിരുന്നു ആദ്യ സ്ഫോടനം. ബാന്ദ്ര, ജോഗേശ്വരി, മാഹിം, മീരാ റോഡ്, മാട്ടുംഗ, ബോറിവ്ലി എന്നിവിടങ്ങളിലും തുടർന്ന് സ്ഫോടനങ്ങളുണ്ടായി. സിമി പ്രവർത്തകർ ഉൾപ്പെടെ ആകെ 13 പേരായിരുന്നു കേസിലെ പ്രതികൾ. ഇതിൽ ഒരാൾ വിചാരണക്കാലയളവിൽ മരിച്ചു.